水资源方面，瓜州地域辽阔，水土资源相对丰富，是典型的农牧业县。

境内有疏勒河、榆林河两大水系，年平均径流量4.2亿立方米，有各类水库、塘坝37座，总蓄水量2.53亿立方米，其中双塔水库库容达2.4亿立方米，是甘肃省最大的农业灌溉水库。

拥有耕地50万亩，适宜于小麦、玉米、棉花、蜜瓜、枸杞、甘草、红花、番茄、葡萄、酒花等多种农作物生长。